8.4 富集网络图 EMP_enrich_netplot

模块EMP_enrich_netplot用于对接GSEA分析后的富集网络图。

8.4.1 KEGG富集分析的网络图

模块EMP_enrich_netplot继承了enrichplot包的cnetplot,可以对富集分析的结果进行可视化。

🏷️示例:

MAE |>
  EMP_assay_extract(experiment = 'geno_ec') |>
  EMP_diff_analysis(method='DESeq2',.formula = ~Group) |>
  EMP_enrich_analysis(condition = pvalue<0.05,keyType ='ec',KEGG_Type = 'KEGG',
                      pvalueCutoff=0.05,species = 'all',combineGroup = FALSE) |>
  EMP_enrich_netplot()
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