8.4 富集网络图 EMP_enrich_netplot
模块EMP_enrich_netplot用于对接GSEA分析后的富集网络图。
8.4.1 KEGG富集分析的网络图
模块EMP_enrich_netplot
继承了enrichplot
包的cnetplot
,可以对富集分析的结果进行可视化。
🏷️示例:
MAE |>
EMP_assay_extract(experiment = 'geno_ec') |>
EMP_diff_analysis(method='DESeq2',.formula = ~Group) |>
EMP_enrich_analysis(condition = pvalue<0.05,keyType ='ec',KEGG_Type = 'KEGG',
pvalueCutoff=0.05,species = 'all',combineGroup = FALSE) |>
EMP_enrich_netplot()
